Johannes Grützke wurde als viertes von fünf Kindern als Sohn des Geschäftsmanns Wilhelm Grützke und seiner Ehefrau Dörthe geboren. Außer während vier Jahren Kriegs- und Nachkriegswirren wuchs er in Berlin auf.

Johannes Grützke studierte von 1957 bis 1964 an der Hochschule für Bildende Künste in Berlin zunächst bei Hans Orlowski und danach als Meisterschüler von Peter Janssen. 1962 nahm er als Schüler an dem von Oskar Kokoschka geleiteten Kurs der Internationalen Sommerakademie Salzburg teil. In Bad Godesberg, wohin er 1964 umzog, hatte er im gleichen Jahr seine erste Einzelausstellung in der Galerie Pro, die von Johannes Wasmuth geleitet wurde. Im folgenden Jahr, wieder in Berlin, gründete er das Musikensemble Die Erlebnisgeiger, mit dem er unregelmäßig öffentlich auftrat. 1973 war er Mitbegründer der Schule der neuen Prächtigkeit. 1974 veranstaltete der Neue Berliner Kunstverein die erste Grützke-Retrospektive im Schloss Charlottenburg, die anschließend im Kunstverein Freiburg, in der Kunsthalle Nürnberg und dem Mannheimer Kunstverein ausgestellt wurde. Im gleichen Jahr wurde ebenfalls vom Neuen Berliner Kunstverein die erste Gemeinschaftsausstellung der Schule der neuen Prächtigkeit ausgerichtet. 1986 wurde ihm der Kunstpreis der Heitland Foundation, Celle verliehen.

Als Maler, Zeichner und Druckgrafiker schuf Grützke seit den 1960er-Jahren ein Werk, das durch seine Konsequenz ebenso beeindruckt wie durch die Wahl seiner Motive und die souveräne Handhabung der Techniken. In seiner am Gegenständlichen orientierten Kunst geht es ihm darum, eine Idee malerisch so umzusetzen, als sei sie der Wirklichkeit entsprungen.

Außer im Malatelier arbeitete Grützke auch als Bühnenbildner für das Theater, 1979 begann hier eine langjährige Zusammenarbeit mit dem Regisseur Peter Zadek. Von 1985 bis 1988 war er dessen künstlerischer Berater am Deutschen Schauspielhaus in Hamburg und stattete verschiedene Inszenierungen aus, darunter die legendäre Urfassung von Lulu von Frank Wedekind, Joshua Sobols Ghetto und Weiningers Nacht sowie am Wiener Burgtheater Shakespeares Der Kaufmann von Venedig (auch Kostüme, Bühne gemeinsam mit Wilfried Minks).

Grützke lehrte 1976/1977 als Gastdozent an der Hochschule für Bildende Künste in Hamburg, 1987 kehrte er, diesmal als Dozent in Nachfolge seines ehemaligen Lehrers Oskar Kokoschka, an die Internationale Sommerakademie Salzburg zurück. Im Jahr 1990 gehörte er zu den Gründungsmitgliedern des Künstlersonderbundes in Deutschland. Von 1992 bis 2002 war er Professor für Malerei an der Akademie der Bildenden Künste in Nürnberg. Johannes Grützke ist Mitglied der Freien Akademie der Künste Hamburg.

Von November 2011 bis April 2012 fand in der Reihe „Werke und Dokumente“ des Deutschen Kunstarchivs im Germanischen Nationalmuseum Nürnberg eine umfassende Ausstellung seiner Werke unter dem Titel Die Retrospektive statt. Damit verbunden, vermachte Grützke dem Museum einen Vorlass.[1] 2012 war im Marburger Kunstverein eine Auswahl von Malerei, Zeichnungen, Pastelle und eine Skulptur des Künstlers aus der Sammlung Horn zu sehen.[2] Unter dem Titel „die ganze Welt in meinem Spiegel“ zeigt das Stadtmuseum Berlin 2012 anlässlich der Verleihung des Hannah-Höch-Preises des Landes Berlin 2012 eine Retrospektive seiner Arbeiten aus fünf Jahrzehnten.[3] 2013 wurden Werke von Grützke im Rahmen der Ausstellung «Jacob Jordaens und die Moderne» im Fridericianum in Kassel ausgestellt.